Nació en Lambayeque el 3 de abril de 1823. Fueron sus padres el comerciante estadounidense Juan Fanning y Micaela García Durán. Se unió en matrimonio a Teresa Gonzáles del Real en 1853.
Ingresó al servicio como Tercer Piloto en diciembre de 1839, siendo el pailebot “Vigilante” el primer buque en el que sirvió. En 1844 se graduó como Guardiamarina, y durante la Junta de Gobierno presidida por Domingo Nieto, formó parte de la dotación de la corbeta “Limeña”.
Durante el gobierno de Ramón Castilla, participó desde 1851, en la expedición al río Amazonas, hasta agosto de 1853, cuando regresó al Callao para embarcarse en el bergantín “Gamarra” rumbo a los Estados Unidos, a socorrer a varios compatriotas, quienes dejándose llevar por la “fiebre del oro”, migraron a California sin éxito. Ese año Fanning alcanzó el grado de Teniente Segundo. De vuelta al Perú, siendo ya Capitán de Corbeta, sirvió nuevamente en el “Gamarra”, esta vez como su segundo comandante.
El año 1855 marca el fin del gobierno del General José Rufino Echenique, quien fue derrotado en la batalla de La Palma el 5 de enero por las fuerzas del General Ramón Castilla. Este se hace del mando de la República, y de inmediato Fanning es dado de baja por el apoyo que brindó a Echenique, hasta 1860, cuando asume la Capitanía del Puerto de Cerro Azul. También fue Capitán de los Puertos de Huanchaco y Pisco, entre 1864 y 1866.
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